職業安全衛生管理是一個十分復雜的系統工程，對于一個組織來說，只要組織存在，OHSAS相關管理一刻也不能停息，就是說OHSAS的概念，是一個空間、時間以及員工（三維）全方位的系統。由于科技水平及其運用的有限性，資源投入及經濟合理性的限制，會使OHS管理產生種種缺陷和不足，尤其人的不安全行為和物的不安全狀態，更是千姿百態，因而OHSAS同其他體系一樣，不是全面消滅事故的靈丹妙藥，它的實施在很大程度上取決于組織的基礎、資源、風險、性質、規模以及員工的素質，實施中有以下幾個難點： 
    1、 關于有效的技術支持和手段。風險評價起源于美國航天部門，為了確保幾億元的財產不會因一時的疏忽和簡單的環節操作而毀于一旦，美航天局投入可觀的人力、物力、財力進行航天飛機各系統的全面分析，動仄幾千萬美金，資金、技術支持功不可沒。有些組織在進行OHSAS危害因素辨識和風險評價時，領導者缺乏這方面的意識，或進行類似的投入顯得力不從心，有時是不現實、不經濟的。因此，在策劃實施4.3.1這一條款時有些困難。 
    2、 職業安全衛生涉及技術領域是廣泛的，物理、化學、生物等領域有可能在一個組織內全部涵蓋，如何將復雜的根源分析變得簡單，易掌握而又有實際意義，也是一個值得探討的問題。  
    3、 建立OHSAS體系的目的是消除或降低風險，而發生事故具有極大的偶然性，那么控制機制的運作對于避免偶然性發生如何有效，本身有體系健康、健全和持續改進的問題，同時也可能出現體系運作上有偏差。此如，美國對航天飛機系統進行過幾千萬美元的評價，也出現了控制系統失靈而機毀人亡的重大事件，這一點我們應有充分的認識和準備。